Theo Hiệp hội Lương thực Việt Nam (VFA), mặt hàng gạo xuất khẩu cũng thuộc nhóm chịu thuế suất 5% theo điểm d khoản 2 điều 9. “Việc áp dụng mức thuế suất này sẽ tạo ra một số khó khăn như làm gia tăng nguồn vốn và chi phí sản xuất của doanh nghiệp do phải nộp thuế. Trong khi đó, các tổ chức tín dụng không giải ngân phần thuế này khi cấp vốn lưu động. Điều này vô tình gây áp lực tài chính và giảm hiệu quả kinh doanh. Đó là chưa kể, có khả năng tạo ra những kẽ hở để một số đối tượng chiếm dụng thuế, gây thất thoát ngân sách, khiến quá trình hoàn thuế của doanh nghiệp xuất khẩu bị ách tắc”, công văn do Chủ tịch VFA Đỗ Hà Nam nêu.
Năm 2024, xuất khẩu gạo đạt con số kỷ lục trên 9 triệu tấn và giá trị gần 5,7 tỉ USD; trong 6 tháng đầu năm 2025, đạt trên 4,7 triệu tấn và kim ngạch 2,45 tỉ USD.
Còn đối với ngành hàng cà phê, năm 2024 xuất khẩu trên 1,3 triệu tấn mang về 5,7 tỉ USD. Trong 6 tháng đầu năm 2025, lượng xuất khẩu gần 1 triệu tấn và kim ngạch đã đạt tới 5,5 tỉ USD, tăng gần 5% về lượng và 66% về giá trị so với cùng kỳ năm trước.

Các doanh nghiệp xuất khẩu gạo lo lắng phát sinh chi phí, đội vốn vì sản phẩm phải chịu thuế VAT 5%, bên cạnh đó là việc hoàn thuế gặp khó khăn
ẢNH: ĐÀO NGỌC THẠCH

Các doanh nghiệp xuất khẩu cà phê lo lắng việc áp dụng thuế VAT sẽ tạo ra nhiều bất cập do 85% sản lượng là xuất khẩu
ẢNH: HOÀNG NGUYỄN
Trong công văn kiến nghị gửi Thủ tướng Chính phủ, ông Nguyễn Nam Hải – Chủ tịch Hiệp hội Cà phê ca cao Việt Nam (VICOFA) phân tích: Thực tế, trước năm 2013, khi thực hiện luật Thuế VAT năm 2008, cà phê nhân là mặt hàng chịu thuế 5%. Tuy nhiên, trong quá trình thực hiện có nhiều bất cập phát sinh khi một số đối tượng trục lợi, gian lận gây thiệt hại ngân sách cũng như gây khó khăn cho những doanh nghiệp xuất khẩu chân chính. Do vậy, năm 2013, Chính phủ đã đồng ý bỏ áp dụng thuế VAT với mặt hàng này.
Tuy nhiên, theo quy định mới thì từ ngày 1.7.2025, cà phê nhân lại một lần nữa thuộc diện phải chịu thuế VAT 5%.
Văn bản của VICOFA phân tích: Thực tế hiện nay, trên 85% tổng sản lượng cà phê nhân Việt Nam hàng năm được xuất khẩu; còn lại là tiêu thụ nội địa. Do vậy, hầu như lượng cà phê nhân đóng thuế VAT đều được hoàn thuế nên không đóng góp nhiều cho nguồn thu ngân sách nhà nước. Việc thu thuế VAT 5% sau đó lại thực hiện hoàn thuế sẽ phát sinh thêm nhiều nhân sự của cơ quan thuế phục vụ cho việc hoàn thuế. Đồng thời cũng phát sinh nhiều chi phí, thủ tục hoàn thuế cho doanh nghiệp do thời gian và thủ tục hoàn thuế rất lâu và phức tạp. Bên cạnh đó, điều kiện hoàn thuế VAT người bán đã kê khai, nộp thuế theo quy định đối với hóa đơn đã xuất cho cơ sở kinh doanh đề nghị hoàn thuế. Quy định này tạo cho các doanh nghiệp xuất khẩu rủi ro cao khi mua hàng phải chờ đợi thời gian dài mới được hoàn thuế trong khi các doanh nghiệp mua hàng đã hoàn thành nghĩa vụ trả thuế VAT cho người bán.
Cũng giống như ngành hàng lúa gạo, theo ông Nguyễn Nam Hải, nếu áp dụng thêm 5% thuế VAT thì áp lực về vốn kinh doanh lại tăng thêm đối với các doanh nghiệp xuất khẩu cà phê vì phải đóng thuế trước và hoàn lại sau.